Fachbereich Bioprozesstechnik
Wissenschaftliches Profil
Der Fachbereich Bioprozesstechnik beschäftigt sich mit der Beantwortung von Fragestellungen aus den Lebenswissenschaften, insbesondere zur Tumor- und Stammzellforschung aus dem Bereich der Medizintechnik, auf der Grundlage der Entwicklung und Erforschung komplexer technischer Systeme und bioprozesstechnischer Verfahren (Symbiose von Technik und Biologie) auf der Basis von Mikrofluidik und Hochdurchsatztechnologien.
Ausgehend von diesen Technologien werden mit neuentwickelten bioprozesstechnischen (z.B. pipe based bioreactors), messtechnischen und mikroskopischen (z.B. Lichtblattmikroskopie) Verfahren Krankheiten schnell, effektiv und reproduzierbar "in vivo" nah simuliert sowie Ansätze zu deren Bekämpfung untersucht und weiterentwickelt. Das Spektrum der Untersuchungen umfasst den Bereich der Manipulation und Kultivierung einzelner Zellen bis hin zu zeitabhängigen Untersuchungen von komplexen 3D-Zellstrukturen (1D- bis 4D-Untersuchungen).
Neuartige und zum Teil eigens für die zu untersuchenden Fragestellungen entwickelte fluoreszenzoptische 3D-Bildgebungsverfahren (Lichblattmikroskopie, automatisierte Epifluoreszenzmikroskopie für Microplate-basierte Zellkultivierungssysteme und Tropfen-basierte Zellkultivierungssysteme) ermöglichen eine schnelle und schonende Charakterisierung von 3D-Zellstrukturen in hohem Durchsatz. Bei der Bearbeitung der Forschungsthemen werden von Beginn an die Aspekte einer kompletten Wertschöpfungskette mit Fokus auf die Vermarktung berücksichtigt.
Anwendungsbereiche
Die Untersuchung von Krankheiten und die Entwicklung von neuen Therapieansätzen ist oft eng verknüpft mit der Notwendigkeit nach schnellen und sicherheitstechnischen zuverlässigen Versuchsplattformen und -methoden. Zudem stehen oft nur geringe Probenmengen (z.B. Zellen, Biopsien) zur Verfügung, an denen möglichst viele Parameter mit hoher statistischer Sicherheit untersucht werden sollen. Diese Forderungen erfüllen Hochdurchsatzsysteme auf der Basis von Mikrotiterplatten oder der Tropfen-basierten Mikrofluidik. Die im iba neu entwickelten bzw. verwendeten Hochdurchsatzsysteme (z.B.Modified Hanging Droplet, Liqiud Overlay, pipe based bioreactors) erfüllen diese Anforderungen und liefern mit schneller mikroskopischer und/oder spektroskopischer und elektrischer Messtechnik statistisch sichere Ergebnisse bei geringem Probenbedarf.
Sowohl die Hochdurchsatzsysteme als auch die Messtechnik können flexibel an die Anforderungen der jeweiligen biologischen Applikation adaptiert werden. Beispiele hierfür sind Untersuchungen an Tumorzellen und Stammzellen, aber auch an Mikroorganismen (z.B. für die Sepsisforschung). Darüber hinaus entwickeln und nutzen wir kontinuierliche und tropfenbasierte mikrofluidische Systeme zur katalytischen Generierung von Partikeln für computertomografische Anwendungen und für Untersuchungen zur biomagnetischen Separation, z.B. zur Isolationvon Tumorzellen aus Blutproben (Circulating Tumor Cells, CTCs).
- Tumorforschung
Im Mittelpunkt der Arbeiten zur Tumorforschung steht die Langzeitkultivierung von 3D-Zellstrukturen, deren Behandlung mit Chemotherapeutika und/oder Strahlung und die Dokumentation der Reaktion der 3D-Zellstrukturen auf die Therapie. Die im iba vorhandenen Kultivierungs- und Detektionsplattformen sind generell hochdurchsatzgeeignet und stehen für ein breites Spektrum von Tumoren, aber auch für individualmedizinische Ansätze im Bereich der Tumorforschung zur Verfügung.
- Stammzellforschung
Aufgrund der Modularität und Flexibilität der o.g. Kultivierungs- und Detektionsplattformen sind diese durch technische und verfahrenstechnische Modifikationen auch für die Kultivierung, die Differenzierung und die Charakterisierung von Stammzellen geeignet.
- Forschungsthemen
Forschungsthemen
- Grundlegende Forschungsarbeiten zur Beantwortung von Fragestellungen aus den Lebenswissenschaften auf der Basis Mikrofluidik-basierter Zellkultivierungsplattformen
- Entwicklung von Methoden und Technologien zum Handling, Kultivieren und Detektieren von
- Zellen im Maßstab 1D bis 4D
- Kokulturen
- Mischkulturen
- Entwicklung, Charakterisierung und Applikation Mikrofluidik basierter technologischer Plattformen:
- parallelisierbare Perfusionssysteme auf der Basis von Polymerchips
- Tropfen-basierte Systeme für hohe Durchsätze (pipe based bioreactors)
- Microplate-basierte Systeme (Modified Hanging Droplet, Liquid Overlay)
- Entwicklung, Charakterisierung und Applikation kundenspezifischer technologischer Plattformen:
- Perfusionssysteme auf der Basis von Keramikcarriern
- Solid State Bioreaktoren (verschiedene Substrate und Ausführungsformen)
- Suspensionsreaktoren (Spezialanfertigungen)
- Entwicklung, Charakterisierung und Applikation Magnet-basierter Zellseparationsmethoden, z.B. für die klinische Stammzellforschung und die „Point-of-Care“ Diagnostik
- Automatisierte Charakterisierung von Zellstrukturen im 1D-4D Maßstab (z.B. Einzelzellen, Sphäroide, Gewebebiopsien) auf der Basis mikroskopischer Verfahren in hohem Durchsatz (Lichtmikroskopie, Epifluoreszenzmikroskopie, Lichtblattmikroskopie)
- Untersuchungen katalytischer Reaktionen in Tropfen-basierten mikrofluidischen Systemen
- Kalorimetrische und impedanzespektroskopische Untersuchungen an Tropfen-basierten mikrofluidischen Systemen
- Numerische Charakterisierung der fluidischen Eigenschaften von Zellkultivierungsplattformen
- Topografische und chemische Modifikation von Oberflächen (z.B. Plasmabeschichtung)
- Projekte
Projekt Fördermittelgeber Laufzeit Entwicklung eines spritzgegossenen mikrooptischen Sensorsystems zum 3D-ortsaufgelösten Monitoring des Sauerstoffpartialdrucks in 3D-Zellkulturen (3DOxyFlow) BMFTR / VDI 08.25 - 07.28 Mikrofluidische Syntheseansätze zur Herstellung neuartiger magnetischer Nanopartikel-Wirkstoff-Komplexe (µMaNaWiKo) BMWK / AiF 01.25 - 12.27 3D-Screening von Tumorsphäroiden auf der Basis tropfenbasierter mikrofluidischer Verfahren für KI-gestützte Wirkstoffuntersuchungen (µDropView) BMWK / AiF 04.24 - 09.26 KI-gestützte Multiparameteranalysen auf der Basis einer tropfenbasierten mikrofluidischen Plattform für das Hochdurchsatz-Screening von 3D-Zellkulturen (FGR 3DµHTS) TMWWDG 01.24 - 12.26 Tropfenbasierte Analyseplattform für Virusinfektionen (TAPIR) TMWWDG 07.22 - 12.22 Neuer mikrofluidischer Lösungsansatz zur Quantifizierung von infektiösen Viren (µViroscreen) BMWi / AiF / Dechema 07.21 - 12.23 Entwicklung von Perfusionseinsätzen für Langzeituntersuchungen von 3D-Zellkulturen (MS Multi Mat - Membran-App) BMWi / VDI-VDE (ZIM) 02.21 - 07.23 pipe based bioreactors® als Plattform für das Screening von Wirkstoffen gegen Virusinfektionen (Virus-Pipe) TMWWDG 09.20 - 02.21 Kultivierung und Analyse von Zellen und Biomolekülen als Beitrag zur Krebsfrühdiagnose und -verlaufsuntersuchung (Krebsfrühdiagnose (FI)) TMWWDG 04.20 - 11.20 Entwicklung eines druckbasierten Fluidmanipulationssystems für die tropfenbasierte Mikrofluidik (µDropControl) BMWi / AiF 02.20 - 07.22 Raman-basiertes Zell- und Metabolit-Monitoring zur Identifikation wirkstoffresistenter Zellen in 3D-Kulturen unter Chemotherapie (3DTheraRam (FI)) TMWWDG 04.20 - 03.23 Raman-basiertes Zell- und Metabolit-Monitoring zur Identifikation wirkstoffresistenter Zellen in 3D-Kulturen unter Chemotherapie (3DTheraRam (WF)) TMWWDG 04.20 - 03.23 Mikrosystemtechnische Synthese von konfigurierbaren, magnetischen Nanopartikeln für die Theranostik (SyNMAG) BMBF / VDI 06.19 - 05.22 Entwicklung und Validierung der Sensorik für die Kultivierung von Gewebebiopsien in parallelisierten Polymerchips; TP B (SepaChip) BMBF / VDI/VDE 04.19 - 09.22 Mikrofluidische Theranostik-Plattform zur sterilen Manipulation und in-vitro Kultivierung von 3D-Zellkultur-modellen für individualisierte Tumortherapien - µSteriCulture (µSteriCulture) TMWWDG 04.18 - 03.21 Mehrebenenrobotersystem als universelle Manipulations- und Detektionsplattform für ein- und mehrdimensionale Zellkulturen (MeRoSys) TMWWDG 03.18 - 10.18 - Publikationen
- Mohamadian Namaqi, M., et al.:Advanced Mounting Technique for Improved Imaging and Analysis of Embedded Spheroids and Migrating Cells in Light Sheet Fluorescence Microscopy. Advanced Materials Technologies, 2026.
- Saupe, M., et al.:Droplet-based cell viability assay for analysis of spheroid formation, proliferation and high-resolution IC(50) profiling.Lab Chip, 2025. 25(23): p. 6138-6156.
- Prasetija, N., et al.:Droplet-Based Microfluidic Photobioreactor as a Growth Optimization Tool for Cyanobacteria and Microalgae. Environments, 2024. 11(11).
- Saupe, M., et al.:Flexible Toolbox of High-Precision Microfluidic Modules for Versatile Droplet-Based Applications. Micromachines (Basel), 2024. 15(2).
- Mohamadian Namaqi, M., et al.:Dynamic cell culture modulates colon cancer cell migration in a novel 3D cell culture system. Sci Rep, 2024. 14(1): p. 18851.
- Hofmann, M., et al.:Linearly modulated multi-focal diffractive lens for multi-sheet excitation of flow driven samples in a light-sheet fluorescence microscope. J. Eur. Opt. Society-Rapid Publ., 2023. 19(1): p. 26.
- Cao, J., et al.:Contactless optical and impedimetric sensing for droplet-based dose-response investigations of microorganisms. Sensors and Actuators B: Chemical, 2022. 372: p. 132688.
- Sarif, M., et al.:High-throughput synthesis of CeO(2) nanoparticles for transparent nanocomposites repelling Pseudomonas aeruginosa biofilms. Sci Rep, 2022. 12(1): p. 3935.
- Schemberg, J., et al.:Synthesis of Biocompatible Superparamagnetic Iron Oxide Nanoparticles (SPION) under Different Microfluidic Regimes. ACS Appl Mater Interfaces, 2022. 14(42): p. 48011-48028.
- Sarif, M., et al.:Selective Synthesis of Monodisperse CoO Nanooctahedra as Catalysts for Electrochemical Water Oxidation. Langmuir, 2020. 36(46): p. 13804-13816.
- Widder, M., et al.:A modified 384-well-device for versatile use in 3D cancer cell (co-)cultivation and screening for investigations of tumor biology in vitro. Eng Life Sci, 2018. 18(2): p. 132-139.
- Lerchner, J., et al.:Continuous Monitoring of Drug Effects on Tissue Samples by Segmented Flow Chip Calorimetry. Journal of Thermal Analysis and Calorimetry 2017. 127 p. 1307–1317.
- Kaistha, B.P., et al.:The deubiquitinating enzyme USP5 promotes pancreatic cancer via modulating cell cycle regulators. Oncotarget, 2017. 8(39): p. 66215-66225.
- Wiedemeier, S., et al.:Parametric studies on droplet generation reproducibility for applications with biological relevant fluids. Eng Life Sci, 2017. 17(12): p. 1271-1280.
- Wiedemeier, S., et al.:Precision moulding of biomimetic disposable chips for droplet-based applications. Microfluidics and Nanofluidics, 2017. 21(11): p. 167.
- Schemberg, J., M. Specht, and M. Karle:Neue mikrofluidische Strategien in der Krebsdiagnostik. GIT Laborfachzeitschrift, 2017.
- Mitarbeiter
Mitarbeiter Fachbereich Bioprozesstechnik: Rosalie Balas, Martin Czornik, Tobias Förster, Annabell Hermann,
Dr. Karen Lemke (kommissarische Leitung), Dr. Franziska Moll, Dr. Masoumeh Namaqi, Melvin Nzeyap Sechie, Nadia Davina Prasetija, Robert Römer, Dr. Jörg Schemberg, Dr.-Ing. Stefan Wiedemeier, Martin Wiederhold
Ansprechpartner
Dr. Karen Lemke
Bioprozesstechnik
+49 3606-671-420
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